Предположим, вам нужно обновить старый установленный порт на новый. Можно поступить таким образом:

1. Установить порт sysutils/bsdadminscripts
2. воспользоваться скриптом pkg_upgrade, например:

pkg_upgrade -r png-1.2.32

Ключ -r также обновит все порты, от которых зависит png-1.2.32.

Также, если попортились зависимости, наслоились порты (такое может быть при апгрейде), есть смысл установить порты:

# ports-mgmt/portmaster:
# portmaster --check-depends

# ports-mgmt/portupgrade:
# pkgdb -F