После восстановления одной из баз из бэкапа, обнаружил указанную ошибку при проведении документов.
Полечил так:
Резервное копирование данных
alter database «база с кривой кодировкой» collate Cyrillic_General_CI_AS (кодировка должна быть такой же, как и у master)
выгрузка данных средствами 1С
загрузка данных средствами 1с